Deux vastes études menées sur des milliers d’animaux en divers sites d’Afrique apportent de nouvelles informations sur les rôles respectifs des singes et des chauves-souris dans la transmission du virus Ebola et le déclenchement des épidémies chez l’homme.

Depuis la première épidémie à virus Ebola, en République démocratique du Congo (RDC), en 1976, l’Afrique a connu 28 épisodes de la maladie. Entre mai 2017 et juillet 2018, la RDC a même connu trois émergences. Une augmentation de la fréquence qui souligne l’importance de comprendre l’origine de ces épidémies, dont les taux de mortalité oscillent entre 25 et 90 %. D’autant qu’elles touchent désormais aussi les grandes villes, et donc une population encore plus importante.

Les recherches ont permis d’identifier trois espèces du virus capables d’infecter l’homme en Afrique, de développer des tests de diagnostic rapide et d’envisager la fabrication de vaccins, mais nombre d’inconnues demeurent autour de l’origine de l’infection chez l’homme. Notamment, quels rôles jouent les chauves-souris et les singes ? Celui des petits mammifères volants comme réservoir potentiel a été évoqué dès 2005 ¹ . Autrement dit, les chauves-souris hébergeraient le virus sans être malades, et pourraient le transmettre aux êtres humains ou à d’autres animaux.

D’autres animaux tels les chimpanzés ou les gorilles – des grands singes ² – qui, eux, en revanche, développent la maladie. « Le contact avec des grands singes a par ailleurs été le point de départ de plusieurs épidémies au Gabon et en République du Congo » , commente Martine Peeters. Pour confirmer les rôles de ces animaux, et ainsi mieux combattre les futures épidémies, la chercheuse et Ahidjo Ayouba, tous deux virologues à l’IRD, se sont lancés dans une vaste quête : détecter des signes de présence, ou de contact avec le virus, dans le sang, ou les selles, de primates non humains et de chiroptères. ^{3 4}

Plus de 8 000 animaux testés

Entre 2015 et 2017, ils ont ainsi prélevé le sang de 4 022 chauves-souris, répartis en 21 sites, à travers trois pays : Guinée, RDC et Cameroun. « Ce dernier pays n’a jusqu’ici pas connu d’épidémie, mais il présente le même environnement et la même faune que la RDC, le Gabon ou la République du Congo. Et certains foyers congolais ou gabonais ne sont qu’à 300 kilomètres à vol d’oiseau », précise Martine Peeters.

Afin de s’assurer de la multiplicité des espèces de chauves-souris testées – il en existe des centaines en Afrique – , les pièges ont été placés dans différents environnements écologiques : champs, villages, villes…. « Les échantillons de sang, prélevés sur place avant de relâcher les animaux, ont ensuite été testés avec différents antigènes ⁵ de plusieurs espèces du virus Ebola. » S’il y avait réactivité, cela indiquait la présence d’anticorps, et donc que l’animal avait été en contact avec le virus ou un virus de la même famille.

Le même technique de recherche d’anticorps a été appliquée à 4 649 primates non humains appartenant à 36 espèces, dont 2 327 échantillons de grands singes (gorilles, chimpanzés et bonobos). Les scientifiques ont effectué les tests de réactivité sur des échantillons de sang, ou de selles pour les grands singes, provenant du Cameroun, de RDC ou de Côte d’Ivoire.

Les chauves-souris sur la sellette

La force de ces deux études s’appuie sur plusieurs éléments : l’élargissement des zones géographiques considérées, la multitude d’animaux testés (doublement du nombre de chauves-souris et triplement de primates non-humains testés jusqu’ici en une seule étude), l’unicité de la technique utilisée permettant une homogénéité des résultats, et la pluralité des espèces de virus testées !

Résultat ? Au final, huit espèces de chauve-souris ont révélé la présence d’anticorps réactifs. « Certaines, largement répandues sur le continent–comme Eidelon helvum, Hypsygnatus monstruosus, – ont même montré des preuves de contacts avec deux espèces du virus Ebola, Zaïre et Soudan  », précisent les chercheurs. À l’inverse, ils n’ont trouvé de signe de contact que chez un seul singe, de la famille des Cercopithèques. « Et aucun anticorps réactif chez les grands singes  », souligne Martine Peeters. Cela conforte donc l’hypothèse que ces derniers sont seulement des hôtes intermédiaires du virus, et non les réservoirs. Les preuves se multiplient ainsi pour assigner un rôle aux chauves-souris.

Pour comprendre comment le virus s’abrite chez les mammifères volants, les chercheurs s’attellent désormais à un projet encore plus ambitieux : suivre, à travers le temps, la prévalence du virus au sein de colonies de chauves-souris. Avec l’espoir de confirmer la présence du virus, au-delà de celles d’anticorps.

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Notes :

1. Eric M. Leroy, Brice Kumulungui, Xavier Pourrut, Pierre Rouquet, Alexandre Hassanin, Philippe Yaba, André Délicat, Janusz T. Paweska, Jean-Paul Gonzalez & Robert Swanepoel, Fruit bats as reservoirs of Ebola virus, Nature  ; 2005; 438 : 575–6

2. L’anglais fait la distinction entre monkey et ape . Le premier, traduit par « singe », désigne les primates non humains avec une queue (cercopithèques, macaques...). Le deuxième regroupe les « grands singes » tels les gorilles, chimpanzés, bonobos et orangs-outans.

3. Helene M. De Nys, Placide Mbala Kingebeni, Alpha K. Keita, Christelle Butel, Guillaume Thaurignac, Christian-Julian Villabona-Arenas, Thomas Lemarcis, Mare Geraerts, Nicole Vidal, Amandine Esteban, Mathieu Bourgarel, François Roger, Fabian Leendertz, Ramadan Diallo, Simon-Pierre Ndimbo-Kumugo, Justus Nsio-Mbeta, Nikki Tagg, Lamine Koivogui, Abdoulaye Toure, Eric Delaporte, Steve Ahuka-Mundeke, Jean-Jacques Muyembe Tamfum, Eitel Mpoudi-Ngole, Ahidjo Ayouba, Martine Peeters, Survey of Ebola Viruses in Frugivorous and Insectivorous Bats in Guinea, Cameroon, and the Democratic Republic of the Congo, 2015–2017, Emerging Infectious Disease ; décembre 2018 

4. Ahidjo Ayouba, Steve Ahuka-Mundeke, Christelle Butel, Placide Mbala, Severin Loul, Nikki Tagg, Christian-Julian Villabona Arenas, Audrey Lacroix , Simon-Pierre Ndimbo-Kumugo, Alpha K. Keita7, Abdoulaye Toure, Emmanuel Couacy-Hymann, Sebastien Calvignac-Spencer, Fabian H. Leendertz, Pierre Formenty, Eric Delaporte, Jean-Jacques Muyembe-Tamfum, Eitel Mpoudi Ngole, Martine Peeters, Extensive serological survey of multiple African non-human primate species reveals low prevalence of IgG antibodies to four Ebola virus species,The Journal of Infectious Diseases  ; 18 janvier 2019

5. Antigène : Substance que le système immunitaire d’un organisme reconnaît comme étrangère

Cet article a d'abord été publié par l'IRD.